Bei Verdacht auf ein genetisches Syndrom oder eine seltene genetische Erkrankung ohne spezifischen Hinweis, in welchem Gen eine ursächliche Veränderung liegt, kann eine Exom-Untersuchung sinnvoll sein. Bei dieser Untersuchung werden die genetischen Varianten aller bekannten Gene (etwa 20.000) in Zusammenschau mit den klinischen Auffälligkeiten der*des Patient*in analysiert. In manchen Fällen wird zusätzlich eine die vergleichende Auswertung mit den genetischen Datensätzen der Eltern (Trio-Exom-Untersuchung) durchgeführt.